การโคลนและศึกษาลักษณะยีนเดกซ์แทรนเนสจาก Arthrobacter sp. AG-2

สุทธิรักษ์ ตั้งจิตพินิจการ

Please use this identifier to cite or link to this item: https://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/10487

Full metadata record

DC Field	Value	Language
dc.contributor.advisor	สุพัฒน์ เจริญพรวัฒนา	-
dc.contributor.advisor	สุเทพ ธนียวัน	-
dc.contributor.author	สุทธิรักษ์ ตั้งจิตพินิจการ	-
dc.contributor.other	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิทยาศาสตร์	-
dc.date.accessioned	2009-08-25T10:41:04Z	-
dc.date.available	2009-08-25T10:41:04Z	-
dc.date.issued	2545	-
dc.identifier.isbn	9741722095	-
dc.identifier.uri	http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/10487	-
dc.description	วิทยานิพนธ์ (วท.ม.)--จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2545	en
dc.description.abstract	ได้แยกและหาลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนเดกซ์แทรนเนสจาก Arthrobacter sp. AG-2 ใช้ E. coli DH5alpha เป็นเซลล์เจ้าบ้าน โดยทำ Southern hybridization เพื่อติดตามยีนเดกซ์แทรนเนสและคัดเลือกโคลนโดยทำ Dot blot hybridization ด้วยดีเอ็นเอติดตาม DEX-probe ที่ได้จากปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรสโดยใช้ไพรเมอร์ DEXFWD2 และ DEXREV ที่ออกแบบจากบริเวณอนุรักษ์ของยีนที่ประมวลรหัสสร้างเดกซ์แทรนเนสสามชนิด โคลนชิ้นดีเอ็นเอ BamHI ขนาด 1,977 คู่เบส โดยใช้ pGEM-7Zf(+) เป็นดีเอ็นเอพาหะ ระบุเป็น pSUDEX1 เมื่อเปรียบเทียบความเหมือนของ SUDEX1 พบว่ามีบางส่วนทางปลาย 5’ ของยีน sdx สร้างดีเอ็นเอติดตาม PB-probe จากชิ้นดีเอ็นเอ PstI-BamHI ทางปลาย 3’ ของ SUDEX1 ได้โคลนชิ้นดีเอ็นเอ SUDEX2 ที่เป็นส่วนปลาย3’ของยีน sdx จากการเปรียบเทียบความเหมือนไม่พบรหัสหยุด จึงสร้างดีเอ็นเอติดตาม BP-probeจากชิ้นดีเอ็นเอ BamHI-PstI ทางปลาย 3’ ของชิ้นดีเอ็นเอ SUDEX2 เพื่อใช้ติดตามชิ้นดีเอ็นเอส่วนที่เหลือของยีน sdx โคลนชิ้นดีเอ็นเอ SUDEX3 ได้ เมื่อวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ของชิ้นดีเอ็นเอทั้งหมดที่โคลนได้พบกรอบอ่านรหัสเปิดของยีน sdx มีขนาด 1,899 คู่เบส ที่ประมวลรหัสสร้างโปรตีนประกอบด้วยกรดอะมิโนขนาด 633 หมู่ ขนาดประมาณ 70.3 กิโลดัลตัน และพบบริเวณจับเกาะของไรโบโซมและ inverted repeat เปรียบเทียบความเหมือนของโปรตีน SDX พบว่ามีความเหมือนกับเอนโดเดกซ์แทรนเนสของ Arthrobacter globiformis T-3044, เดกซ์แทรนเนสของ Arthrobacter sp. CB-8 และไอโซมอลโทไทรโอเดกซ์แทรนเนสของ Brevibacterium fuscum var. dextranlyticum 0407 83%, 82% และ 79% ตามลำดับ และได้โคลนชิ้นดีเอ็นเอ SUDEX3 เข้าสู่ พลาสมิด pSUDEX1 เพื่อเชื่อมต่อยีน sdx ให้สมบรูณ์	en
dc.description.abstractalternative	The gene encoding dextranase was isolated from the genomic DNA of Arthrobacter sp. AG-2 by using E. coli DH5alpha as host. DEX-probe amplified by DEXFWD2 and DEXREV primers, designed from conserved regions of 3 dextranases, was labeled with DIG and used for detection of dextranase gene by Southern and Dot blot hybridization. The 1.9 base pairs BamHI fragments was cloned into pGEM-7Zf(+) designated as pSUDEX1 and contained 5’ portion of dextranase gene as indicated by homology comparison. To isolated 3’ end of sdx, the PstI-BamHI fragment (PB-probe) obtained from 3’ end of SUDEX1 was used as probe to clone 3’ portion of gene designated as SUDEX2. SUDEX2 fragments lacked stop codon and downstream element. Similarly, BP-probe obtained from 3’ end of SUDEX2 was used as probe to clone the remaining portion of the gene (SUDEX3). The complete dextranase gene contained 1,899 base pairs and encoded a protein of 633 amino acids with expected molecular weight of 70.3 kDal. A putative ribosome binding site and inverted repeat were also found. The amino acid sequence identity compared with endodextranase from Arthrobacter globiformis T-3044, dextranase from Arthrobacter sp. CB-8 and isomalto-triodextranase from Brevibacterium fusum var. dextranlyticum were 83%, 82% and 79% respectively. The deduced amino acid sequences contained 7 conserved regions among endodextranase, isomalto-triodextranase and isopullulanase. Finally, SUDEX3 was cloned into pSUDEX1 in order to construct complete gene.	en
dc.format.extent	1117689 bytes	-
dc.format.mimetype	application/pdf	-
dc.language.iso	th	es
dc.publisher	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย	en
dc.rights	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย	en
dc.subject	โคลนิง	en
dc.subject	เอนไซม์	en
dc.title	การโคลนและศึกษาลักษณะยีนเดกซ์แทรนเนสจาก Arthrobacter sp. AG-2	en
dc.title.alternative	Cloning and characterization of dextranase gene from Arthrobacter sp. AG-2	en
dc.type	Thesis	es
dc.degree.name	วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต	es
dc.degree.level	ปริญญาโท	es
dc.degree.discipline	จุลชีววิทยาทางอุตสาหกรรม	es
dc.degree.grantor	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย	en
dc.email.advisor	supat.c@sc.chula.ac.th	-
dc.email.advisor	Suthep.T@Chula.ac.th	-
Appears in Collections:	Sci - Theses

Files in This Item:

File	Description	Size	Format
Suttirak.pdf		1.09 MB	Adobe PDF	View/Open

Show simple item record