Please use this identifier to cite or link to this item:
https://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/13565
| Title: | การโคลนและลักษณะสมบัติของยีนกลุ่ม rhl ที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์โมโนแรมโนลิพิดทางชีวภาพของ Pseudomonas aeruginosa A41 : รายงานผลการวิจัย |
| Other Titles: | Cloning and characterization of rhl genes involving mono-rhamnolipid biosynthesis of pseudomonas aeruginosa A41 |
| Authors: | จิราภรณ์ ธนียวัน กอบชัย ภัทรกุลวณิชย์ ขนิษฐา วงษ์นิกร |
| Email: | Jiraporn.Th@Chula.ac.th Kobchai.P@Chula.ac.th ไม่มีข้อมูล |
| Other author: | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิทยาศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิทยาศาสตร์ ไม่มีข้อมูล |
| Subjects: | ซูโดโมนาสแอรูจิโนซา สารลดแรงตึงผิวชีวภาพ แรมโนลิพิด -- การสังเคราะห์ |
| Issue Date: | 2549 |
| Publisher: | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย |
| Abstract: | Pseudomonas sp. A41 ที่แยกจากน้ำทะเลอ่าวไทย มีความสามารถในการผลิตแรมโนลิพิดจากลักษณะทางสัณฐานวิทยาและสมบัติทางชีวเคมีร่วมกับข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์ของ 16S rDNA สามารถจำแนกสายพันธุ์ A41 เป็น Pseudomonas aeruginosa แยกยีนที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์แรมโนลิพิดจาก Pseudomonas aeruginosa A41 โดยเทคนิคเซาท์เธอร์นไฮบริไดเซชันจีโนมิกดีเอ็นเอกับดีเอ็นเอติดตาม rhlR หรือ rhlA โคลนชิ้นดีเอ็นเอที่ให้ผลบวกเข้าในพลาสมิดเวกเตอร์และหาลำดับนิวคลีโอไทด์ของชิ้นดีเอ็นเอแทรกสอด จากลำดับนิวคลีโอไทด์ทั้งสิ้น 4,965 bp พบกรอบอ่านรหัสเปิด (ORF) ที่สมบูรณ์จำนวน 4 แห่ง และไม่สมบูรณ์ 1 แห่ง กรอบอ่านรหัสเปิดทั้งหมดมีทิศทางในการถอดรหัสไปในทางเดียวกันตามลำดับดังต่อไปนี้ ORF1 (dcd) เป็นกรอบอ่านรหัสเปิดที่ไม่สมบูรณ์ ลำดับกรดอะมิโนมีความคล้ายกับ deoxycytidine triphosphate deaminase ของ Pseudomonas aeruginosa PAO1 เท่ากับ100% ORF2 (rhIA) ลำดับกรดอะมิโนมีความคล้ายกับ rhamnosyltransferase 1 chain A ของ Pseudomonas aeruginosa PG201 เท่ากับ 100% ORF3 (rhIB) ลำดับกรดอะมิโนมีความคล้ายกับ rhamnosyltransferase 1 chain B ของ Pseudomonas aeruginosa PAO1 เท่ากับ 100% ORF4 (rhIR) ลำดับกรดอะมิโนมีความคล้ายกับ transcriptional regulator RhIR ของ Pseudomonas aeruginosa PAO1 และ Pseudomonas aeruginosa PG201 เท่ากับ 100% ORF5 (rhII) ลำดับกรดอะมิโนมีความคล้ายกับ autoinducer synthetase protein RhII ของ Pseudomonas aeruginosa PG201 เท่ากับ 94% นอกจากนี้ยังพบบริเวณโปรโมเตอร์ บริเวณจับเกาะของไรโบโซม และบริเวณอนุรักษ์ las box ซึ่งเป็นบริเวณจับเกาะของ regulatory protein เหนือกรอบอ่านรหัสเปิด ORF2 ORF4 และ ORF5 |
| Other Abstract: | Pseudomonas sp. A41 isolated from Gulf of Thailand’s sea water is capable of producing rhamnolipid. Morphological and biochemical characteristics together with 16S rDNA nucleotide sequence enable to classify strain A41 as Pseudomonas aeruginosa. Genes involving rhamnolipid biosynthesis were isolated from Pseudomonas aeruginosa A41 by southern hybridization of genomic DNA with rhIR- or rhIA-probe. Positive DNA fragments were cloned into plasmid vectors and nucleotide sequences of insert DNA were determined. From total nucleotide sequence of 4,965 bp, four complete and one incomplete open reading frames (ORFs) were revealed. All ORFs are in the same orientation as following; ORF1 is an incomplete ORF with 100% homology to deoxycytidine triphosphate deaminase of Pseudomonas aeruginosa PAO1; ORF2 (rhIA) shows 100% homology to rhamnosyltransferase 1 chain A of Pseudomonas aeruginosa PG201; ORF3 (rhIB) shows 100% homology to rhamnosyltransferase 1 chain B of Pseudomonas aeruginosa PAO1; ORF4 (rhIR) shows 100% homology to transcriptional regulator RhIR of Pseudomonas aeruginosa PGO1 and PG201 and ORF5 (rhII) shows 94% homology to autoinducer synthetase protein RhII of Pseudomonas aeruginosa PG201. Moreover, the putative promoters, Shine-Dalgarno (SD) sequences and conserve regions of las box were found upstream of ORF2 ORF4 and ORF5. |
| URI: | http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/13565 |
| Type: | Technical Report |
| Appears in Collections: | Sci - Research Reports |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| Jiraporn_RHL.pdf | 10.99 MB | Adobe PDF | View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.