การวิเคราะห์ไมโครอาร์เอ็นเอของมนุษย์ที่สามารถยับยั้งเชื้อไวรัสตับอักเสบซีในเซลล์เพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อตับ

Abstract

microRNA (miRNA) คืออาร์เอ็นเอสายสั้นๆขนาดประมาณ 21-23 นิวคลีโอไทด์ สามารถไปเข้าคู่ (hybridization) กับ mRNA เป้าหมาย และควบคุมการแสดงออกของยีนได้ จากงานวิจัยที่ผ่านมาพบว่า microRNAs (miRNAs) สามารถควบคุมการเพิ่มจำนวนของไวรัสได้ ไวรัสตับอักเสบซี (Hepatitis C virus) เป็นไวรัสที่ก่อให้เกิดปัญหาทางสาธารณสุขที่สำคัญ สามารถแบ่งออกเป็น 6 จีโนไทป์หลัก โดยจีโนไทป์ที่พบอัตราการระบาดมากในประเทศไทยได้แก่ 1, 3 และ 6 การศึกษาในครั้งนี้จึงสนใจวิเคราะห์หา miRNA ของมนุษย์ ที่สามารถไปเข้าคู่กับยีนของไวรัสตับอักเสบซีทั้ง 3 จีโนไทป์ (1, 3 และ 6) ได้ โดยอาศัยการทำนายด้วยโปรแกรมทาง Bioinformatics ได้แก่ miRBase และ RNA hybrid เพื่อวิเคราะห์รูปแบบการเข้าคู่กันระหว่าง miRNA และ ยีนของไวรัสตับอักเสบซี และค่าพลังงานในการจับ (Minimum free energy; MFE) พบว่ามี hsa-miR-4645-3p และ hsa-miR-4658 ที่สามารถเข้าคู่กับ บริเวณ 5'UTR ของไวรัสตับอักเสบซีได้อย่างมีประสิทธิภาพ จากนั้นทำการทดสอบ hsa-miR-4645-3p ในการยับยั้งการแสดงออกของยีน firefly luciferase ที่ต่อกับยีนของไวรัสตับอักเสบซี ในเซลล์เพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อตับ (HepG2 cell) โดยใช้เทคนิค Luciferase assay พบว่า hsa-miR-4645-3p ไม่สามารถยับยั้งการแสดงออกยีน (gene silencing) ได้ จึงทำให้สัญญาณ Luciferase ไม่เปลี่ยนแปลง เนื่องจาก mRNA ของ firefly luciferase ที่ต่อกับยีนของไวรัสตับอักเสบซีเกิดโครงสร้างทุติยภูมิที่ขัดขวางไม่ให้ hsa-miR-4645-3p มาจับที่ยีนของไวรัสตับอักเสบซี ดังนั้นหากต้องการทดสอบ hsa-miR-4645-3p ควรเปลี่ยน vector ให้มี reporter gene ชนิดอื่นที่ไม่เกิดโครงสร้างทุติยภูมิกับยีนของไวรัสตับอักเสบซี