Please use this identifier to cite or link to this item:
https://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/56688
| Title: | การโคลนและการวิเคราะห์ลำดับยีนที่อยู่ถัดลงมาจาก acnB ใน Rhizobium sp. CU-A1 |
| Other Titles: | Clonning and sequence analysis of genes located downstream of acnB in rhizobium sp. CU-A1 |
| Authors: | โสรจยา แววศักดิ์ |
| Advisors: | กอบชัย ภัทรกุลวณิชย์ |
| Other author: | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิทยาศาสตร์ |
| Advisor's Email: | kobchai@sc.chula.ac.th |
| Subjects: | การโคลนยีน ลำดับนิวคลีโอไทด์ โพลิไซคลิกอะโรมาติคไฮโดรคาร์บอน ไรโซเบียม การย่อยสลายทางชีวภาพ Molecular cloning Nucleotide sequence Polycyclic aromatic hydrocarbons Rhizobium Biodegradation |
| Issue Date: | 2549 |
| Publisher: | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย |
| Abstract: | โคลนยีนที่อยู่ถัดลงมาจาก acnB ใน Rhizobium sp. สายพันธุ์ CU-A1 ด้วยชุดโคลนยีน BD GenomeWalker[superscriptTM] Universal Kit ที่อาศัยปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรส โดยใช้โอลิโกนิวคลีโอไทด์ไพรเมอร์จากบริเวณปลายด้าน 3' ของ acnB ผลิตภัณฑ์จากปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรสขนาด 2850 bp ถูกโคลนเข้ายังพลาสมิด pGEM-T Easy ตั้งชื่อพลาสมิดนี้ว่า PJ2 จากการหาลำดับนิวคลีโอไทด์แทรกสอด พบกรอบอ่านรหัสเปิด 3 กรอบ ซึ่งมีทิศทางการถอดรหัสไปทางเดียวกัน acnF มีลำดับกรดอะมิโนที่มีความเหมือน 72% กับอัลดีไฮด์ดีไฮโดรจีเนส จาก Paracoccus denitrificans สายพันธุ์ PD1222 ORF2 มีลำดับกรดอะมิโนที่มีความเหมือน 34% กับโปรตีนในตระกูล Cytochrome P450 จาก Silicibacter pomeroyi สายพันธุ์ DSS-3 และ ORF3 มีลำดับกรดอะมิโนที่มีความเหมือน 57% กับ 5-คาร์บอกซีเมธิล-2-ไฮดรอกซีมิวโตเนตเดลตาไอโซเมอเรส จาก Polaromonas naphthalenivorans สายพันธุ์ CJ2 นอกจากนี้ยังพบบริเวณที่คาดว่าน่าจะเป็นโปรโมเตอร์หน้า ORF2 พบรหัสหยุดของ acnF และโครงสร้าง hairpin หลัง acnF จึงเป็นไปได้ว่า ancF น่าจะอยู่โอเปอรอนเดียวกับ acnAcAdAbB ที่เคยมีรายงานก่อนหน้า ส่วน RF2 และ ORF3 ถูกควบคุมโดยโปรโมเตอร์อื่นๆ ดังนั้นยีนที่เกี่ยวข้องกับการย่อยสลายอะซีแนพธิลีนใน Rhizobium sp. สายพันธุ์ CU-A1 จึงอาจไม่อยู่รวมกันเป็นกลุ่ม |
| Other Abstract: | Genes located downstream of acnB in rhizobium sp. CU-A1 were cloned using BD GenomWalker[superscriptTM] Universal Kit by polymerase chain reaction using oligonucleotide primers derived from 3' region of acnB. The 2850 bp PCR product was cloned into plasmid pGEM-T Easy and designated as pJ2. Nucleotide sequence of insert revealed three Open Reading Frames (ORFs) in the same transcriptional direction. acnF showed 72% homology to aldehyde dehydrogenase of Paracoccus denitrificans PD1222. ORF2 was 34% homology to cytochrome P450 family protein of silicibacter pomeroyi DSS-3. ORF3 showed 57% homology to 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate delta isomerase of polaromonas naphthalenivorans CJ2. Stop codon and putative hairpin structure was found downstream of acnF. Moreover, a putative promoter region were found upstream of ORF2. These results suggested that acnF may located on the same operon with acnAcAdAbB which have been previously reported whereas ORF2 and ORF3 might be under the control of another promoter. Therefore, genes involving acenaphthylene degradation in rhizobium sp. CU-A1 may not be arranged as cluster. |
| Description: | วิทยานิพนธ์ (วท.ม.)--จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2549 |
| Degree Name: | วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต |
| Degree Level: | ปริญญาโท |
| Degree Discipline: | จุลชีววิทยาทางอุตสาหกรรม |
| URI: | http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/56688 |
| URI: | http://doi.org/10.14457/CU.the.2006.2001 |
| metadata.dc.identifier.DOI: | 10.14457/CU.the.2006.2001 |
| Type: | Thesis |
| Appears in Collections: | Sci - Theses |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| sorajaya_wa_front.pdf | 1.36 MB | Adobe PDF | View/Open | |
| sorajaya_wa_ch1.pdf | 493.64 kB | Adobe PDF | View/Open | |
| sorajaya_wa_ch2.pdf | 1.71 MB | Adobe PDF | View/Open | |
| sorajaya_wa_ch3.pdf | 2.75 MB | Adobe PDF | View/Open | |
| sorajaya_wa_ch4.pdf | 1.85 MB | Adobe PDF | View/Open | |
| sorajaya_wa_ch5.pdf | 1.03 MB | Adobe PDF | View/Open | |
| sorajaya_wa_back.pdf | 2.67 MB | Adobe PDF | View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.