Please use this identifier to cite or link to this item:
https://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/78636
| Title: | การทำนายโครงรูปการเข้าจับทางเอกซเรย์ของเอชไอวีวันอินทีเกรสกับสารยับยั้งด้วยเทคนิคการเข้าจับเชิงโมเลกุล |
| Other Titles: | Predicting X-ray bound conformation of HIV-1 integrase and inhibitors using molecular docking technique |
| Authors: | เบญจวรรณ ธนันชัย |
| Advisors: | สมศักดิ์ เพียรวณิช |
| Other author: | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิทยาศาสตร์ |
| Subjects: | สารยับยั้งเอนไซม์ การติดเชื้อเอชไอวี Enzyme inhibitors HIV infections |
| Issue Date: | 2563 |
| Publisher: | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย |
| Abstract: | โรคเอดส์ที่เกิดจากการติดเชื้อเอชไอวี ยังคงเป็นปัญหาทางสาธารณสุขที่รุนแรงทั่วโลก สาเหตุหนึ่ง เพราะเชื้อ HIV เกิดการกลายพันธุ์และดื้อต่อยารักษา ดังนั้นจึงจำเป็นที่จะต้องมีการค้นคว้าเพื่อพัฒนาหาสาร ยับยั้งตัวใหม่ที่มีประสิทธิภาพ ข้อมูลโครงสร้างการเข้าจับระหว่างเอนไซม์กับสารยับยั้งนับว่ามีประโยชน์อย่าง มากต่อการพัฒนาค้นคว้าหายาใหม่ นักวิจัยสามารถใช้เทคนิคการคำนวณการเข้าจับเชิงโมเลกุลในการทำนาย โครงสร้างการเข้าจับได้ อย่างไรก็ตามประสิทธิภาพในการทำนายขึ้นกับโปรแกรมและปัจจัยหลายอย่าง ดังนั้น ในงานวิจัยนี้จึงได้ทำการศึกษาประสิทธิภาพของโปรแกรมที่ใช้ในการคำนวณการเข้าจับโมเลกุล โดยเริ่มต้น จากโครงสร้างการเข้าจับทางการทดลองระหว่างเอชไอวี-1 อินทีเกรสกับสารยับยั้งจำนวน 24 ตัว ดึงเอาโครงสร้างสารยับยั้งออก แล้วทำการคำนวณการเข้าจับกลับไปในโครงสร้างเอนไซม์ด้วยวิธีและโปรแกรมที่ แตกต่างกัน เพื่อเทียบประสิทธิภาพการทำนายโครงสร้างการเข้าจับ ผลจากการศึกษาพบว่าการใช้โปรแกรม AutoDock Vina โดยเริ่มจากโครงสร้างสารยับยั้งจากการทดลองและคำนวณแบบแข็งเกร็ง สามารถทำนาย โครงสร้างการเข้าจับได้ใกล้เคียงกับโครงสร้างทางการทดลอง ในขณะที่การคำนวณแบบยืดหยุ่นมีประสิทธิภาพ ในการทำนายลดลง ส่วนการใช้โปรแกรม SwissDock ให้ผลการคำนวณที่หลากหลายทั้งที่ใกล้เคียงและ แตกต่างจากโครงสร้างทางการทดลอง แต่โครงสร้างที่มีพลังงานการเข้าจับที่ดีที่สุดมีความแตกต่างจาก โครงสร้างจากการทดลอง จึงยังไม่สามารถหาเกณฑ์การตัดสินใจที่เหมาะสมได้ |
| Other Abstract: | AIDS and HIV infection are still serious health problem worldwide. One reason is mutations of HIV which cause drug resistance. Therefore, research for development of new effective inhibitors is necessary. Information about enzyme-inhibitor complex structure is very helpful for a development of new drug. Researchers can use molecular docking calculation technique to predict binding structures. However, performance of such prediction depends on software and other factors. In this study, performance of molecular docking calculation software was evaluated. First, 24 X-ray complex structures between HIV-1 integrase and its inhibitors were selected. Then, the structure of each inhibitor was pulled out and docked back to the enzymes using different methods and software. Results showed that rigid docking calculations using AutoDock Vina starting from the X-ray structure of inhibitor can reproduce experimental binding structures whereas flexible docking calculations have lower prediction performance. Calculations using SwissDock gave various results, which are similar to and different from the experimental structures. However, structure with the best binding energy is different from the experimental structure so it is not yet possible to find suitable criteria for selection of the docking solution. |
| Description: | โครงงานเป็นส่วนหนึ่งของการศึกษาตามหลักสูตรปริญญาวิทยาศาสตรบัณฑิต ภาควิชาเคมี. คณะวิทยาศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ปีการศึกษา 2563 |
| URI: | http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/78636 |
| Type: | Senior Project |
| Appears in Collections: | Sci - Senior Projects |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| 63-SP-CHEM-016 - Benjawan Thananchai.pdf | 40.55 MB | Adobe PDF | View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.