เปรียบเทียบวิธีการเตรียมดีเอ็นเอสำหรับการตรวจนิวโมซิสติส จิโรเว็คซี จากสิ่งส่งตรวจโดยปฎิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรส

ทวีศักดิ์ แซ่เตีย

Please use this identifier to cite or link to this item: https://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/61801

Title:	เปรียบเทียบวิธีการเตรียมดีเอ็นเอสำหรับการตรวจนิวโมซิสติส จิโรเว็คซี จากสิ่งส่งตรวจโดยปฎิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรส
Other Titles:	comparison of dna extraction method for detection of pneumocystis jirovecii from clinical samples by polymerase chain reaction
Authors:	ทวีศักดิ์ แซ่เตีย
Email:	ไม่มีข้อมูล
Advisors:	จตุรงค์ พุทธพรทิพย์ สมชาย จงวุฒิเวศย์ ประเสริฐ สิทธิเจริญชัย
Other author:	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะแพทยศาสตร์
Advisor's Email:	Chaturong.P@Chula.ac.th Somchai.Jo@Chula.ac.th Prasert.Si@Chula.ac.th
Subjects:	ปอดอักเสบ เชื้อราก่อโรค Pneumonia Pathogenic fungi
Issue Date:	2553
Publisher:	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
Abstract:	ปอดอักเสบจากการติดเชื้อนิวโมซิสติส จิโรเวคซีไอ ซึ่งเป็นเชื้อราฉวยโอกาสในกลุ่มแอสโคมัยซีตีส นับเป็นสาเหตุที่สำคัญของการเจ็บป่วยและเสียชีวิตในผู้ป่วยที่ภูมิคุ้มกันบกพร่อง โดยเฉพาะผู้ป่วยที่ติดเชื้อเอชไอวีมาก่อน แม้ว่านิวโมซิสติส นิวโมเนียสามารถวินิจฉัยได้จากการตรวจหาระยะโทรฟิก ฟอร์ม หรือระยะซิสติก ฟอร์มในตัวอย่างจากระบบทางเดินหายใจโดยวิธีการย้อมสี แต่ประสิทธิในการวินิจฉัยดังกล่าวมีความผันแปร และขึ้นอยู่กับคุณภาพ และชนิดของตัวอย่าง จำนวนเชื้อที่อยู่ในสิ่งส่งตรวจ ตลอดจนประสบการณ์ของผู้ตรวจ ในขณะที่การประยุกต์ใช้วิธีปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอร์เรส หรือพีซีอาร์ ทำให้ผลการตรวจหาเชื้อในตัวอย่างต่างๆ มีความไวมากขึ้น อย่างไรก็ตามความไวในการตรวจวินิจฉัยของวิธีพีซีอาร์ที่แตกต่างกันมักขึ้นอยู่กับคุณลักษณะของไพรเมอร์ และจำนวนชุดของดีเอ็นเอเป้าหมาย นอกจากนี้ประสิทภาพของการเตรียมดีเอ็นเอจากสิ่งส่งตรวจนับเป็นปัจจัยที่สำคัญต่อประสิทธิภาพของพีซีอาร์ ในการศึกษานี้ได้ทำการเปรียบเทียบประสิทธิภาพของวิธีเตรียมดีเอ็นเอเพื่อการวินิจฉัยด้วยวิธีพีซีอาร์ด้วยชุดเตรียมดีเอ็นเอสำเร็จรูปเปรียบเทียบกับวิธีการต้ม ผู้วิจัยได้รวบรวมตัวอย่างจากผู้ป่วย 36 รายที่มีทั้งเสมหะ และน้ำล้างปอด ซึ่งประกอบด้วยผู้ป่วยที่ติดเชื้อเอชไอวี และมีค่าซีดี 4 น้อยกว่า 200 เซลล์ต่อไมโครลิตร และผู้ป่วยที่ไม่ติดเชื้อเอชไอวี ซึ่งผู้ป่วยเหล่านี้มีอาการไข้ เหนื่อยหอบ และไอ ร่วมกับภาพรังสีปอดผิดปกติ โดยทุกตัวอย่างได้รับการตรวจหาเชื้อโดยการย้อมสียิมซ่า โทลูอิดีนบลู และอิมมูโนฟลูโอเรสเซนต์ (ไอเอฟเอ) จากชุดตรวจสำเร็จรูปนิวโมเซลล์ ผลการตรวจดังกล่าวพบเชื้อใน 8, 20 และ 31 ตัวอย่างจากเสมหะตามลำดับ ในขณะที่พบเชื้อจากน้ำล้างปอดจำนวน 32, 33 และ 35 ตัวอย่างตามลำดับ ทำการตรวจสอบประสิทธิภาพของการเตรียมดีเอ็นเอทั้ง 2 วิธี โดยใช้การตรวจโดยวิธีพีซีอาร์ การเตรียมดีเอ็นเอจากเสมหะ และน้ำล้างปอดจากชุดเตรียมดีเอ็นเอสำเร็จรูปให้ผลบวกของตัวอย่างมากกว่าวิธีการต้ม (36 และ 46 เปรียบเทียบกับ 24 และ 36 ตัวอย่างตามลำดับ) นอกจากนี้อัตราส่วนของผลบวกจากวิธีพีซีอาร์เมื่อใช้ดีเอ็นเอจากเสมหะ และน้ำล้างปอดที่เตรียมโดยวิธีการต้มต่อดีเอ็นเอที่เตรียมจากชุดเตรียมดีเอ็นเอสำเร็จรูปมีค่า 0.67 และ 1.0 ตามลำดับ ดังนั้นแม้ว่าผลิตผลดีเอ็นเอที่เตรียมได้จากวิธีการต้มจะมีจำนวนน้อยกว่าที่เตรียมได้จากชุดเตรียมดีเอ็นเอสำเร็จรูป แต่วิธีการเตรียมดีเอ็นเอโดยวิธีการต้มน่าจะนำมาใช้ประโยชน์ในการประยุกต์ใช้สำหรับตัวอย่างน้ำล้างปอดด้วยวิธีพีซีอาร์ต่อไป
Other Abstract:	Pneumonia caused by Pneumocystis jirovecii, an opportunistic ascomycetous fungal pathogen, is a leading cause of morbidity and mortality in immunocompromised patients especially those with underlying HIV infections. Although PCP can be diagnosed by demonstration of trophic or cystic stages of the organisms in respiratory samples by staining methods, the diagnostic performance of these tests is variable and highly dependent on quality and type of the sample, the number of organisms in the tested material and the experience of the microscopist. Meanwhile, application of polymerase chain reaction (PCR) assays has resulted in a more sensitive detection of P. jirovecii in various respiratory samples. However, the diagnostic sensitivities of different PCR methods seem to depend on characteristic of primers and copy number of target DNA. Furthermore, the effective DNA extraction procedure from clinical samples is one of the crucial steps in PCR performance. In this study, a comparative assessment of the effectiveness of DNA extraction for diagnostic PCR using a commercial kit and a boiling method was performed. We collected 36 matched sputum and brochoalveolar lavage (BAL) samples from HIV-infected patients with low CD4+ lymphocytes and non-HIV immunocompromised patients. All samples were examined for the presence of cystic or trophic stages of P. jirovecii by Giemsa stain, toluidine blue stain and immunofluorescence assay (IFA). P. jirovecii was detected in 8 (22.2%), 20 (55.6%) and 31 (86.1%) sputum samples stained with Giemsa, toluidine blue and IFA, respectively, whereas BAL fluids offered positive result in 32 (88.9%), 36 (91.7%) and 39 (97.2%) samples. The performance of both DNA extraction methods was assessed with PCR assays. DNA extracted from sputum and BAL with commercial kit gave more positive results than rapid boiling method (36 and 36 vs 24 and 36, respectively), The ratios of positive results from PCR using DNA from sputum and BAL extracted by rapid boiling method to those derived by commercial kit were 0.67 and 1.0, respectively. Taken together, despite a potential lower DNA yield from rapid boiling method in this study has suggested that this simple DNA extraction could be a practically useful procedure for BAL sample.
Description:	วิทยานิพนธ์ (วท.ม.)--จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2553
Degree Name:	วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต
Degree Level:	ปริญญาโท
Degree Discipline:	ปรสิตวิทยาทางการแพทย์
URI:	http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/61801
Type:	Thesis
Appears in Collections:	Med - Theses

Files in This Item:

File	Description	Size	Format
5074775330_2553.pdf		1.66 MB	Adobe PDF	View/Open

Show full item record