การวิเคราะห์การแสดงออกของยีนในกลุ่มไฮบริดฮิสทิดีนไคเนส ภายใต้ภาวะความเครียดจากเกลือใน Halothece sp. PCC7418

พัชร์สิตา ศิรยศอลงกรณ์

Please use this identifier to cite or link to this item: https://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/78983

Title:	การวิเคราะห์การแสดงออกของยีนในกลุ่มไฮบริดฮิสทิดีนไคเนส ภายใต้ภาวะความเครียดจากเกลือใน Halothece sp. PCC7418
Other Titles:	Gene expression analysis of hybrid histidine kinase in cyanobacteria Halothece sp. PCC 7418 under salt stress condition
Authors:	พัชร์สิตา ศิรยศอลงกรณ์
Advisors:	รุ่งอรุณ วาดิถี สิริศรัทธา
Other author:	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิทยาศาสตร์
Subjects:	ไซยาโนแบคทีเรีย -- ผลกระทบจากความเครียด การแสดงออกของยีน Cyanobacteria -- Effect of stress on Gene expression
Issue Date:	2563
Publisher:	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
Abstract:	ไซยาโนแบคทีเรียประเภทเอ็กซ์ทรีโมไฟล์ (extremophile) มีความสามารถในการปรับตัวเพื่อให้อยู่ในสิ่งแวดล้อมที่สุดขั้วที่ไม่เหมาะสมต่อการดำรงชีวิต ปัจจัยด้านความเค็มเป็นหนึ่งในปัญหาจากสิ่งที่ไม่มีชีวิตที่สามารถส่งผลกระทบต่อเซลล์ของไซยาโนแบคทีเรีย เมื่ออาศัยอยู่ภายในสภาพแวดล้อมที่ได้รับความเค็มในปริมาณสูงหรือได้รับเป็นเวลานานก่อให้เกิดความเครียดภายในเซลล์ได้ส่งผลให้เซลล์ต้องมีการปรับตัวเพื่อรับมือกับความเครียดเพื่อป้องกันความเสียหายที่เกิดขึ้น โดยการแสดงออกของยีนบางกลุ่มที่มีความสามารถในการควบคุมสมดุลของปฏิกริยาภายในเซลล์ให้เป็นไปตามปกติ Halothece sp. PCC7418 เป็นเอ็กซ์ทรีโมไฟล์ไซยาโนแบคทีเรียที่มีระบบ Two-Component System (TCS) ซึ่งเป็นระบบของโปรตีนที่ใช้ในการแสดงออกของเซลล์และยีนต่าง ๆ ในการตอบสนองต่อสภาพแวดล้อมภายนอกเซลล์ ประกอบด้วยโปรตีน 2 ชนิด คือ Histidine kinase (HK) เป็นการทำงานร่วมกันของ Dimerization and phosphor-acceptor (HisKA), Histidine kinase ATPase (HATPase) Response regulator (RR) ที่เป็นการทำงานของ Aspartate-containing receiver ซึ่งเมื่อ Histidine kinase ทำงานร่วมกับ Response regulator ทำให้เกิดกลุ่มของยีนที่เรียกว่า ไฮบริดไคเนส (HyK) จากการสืบค้นข้อมูลพบว่ามียีนจำนวน 13 ยีนที่คาดว่าเป็นยีนในกลุ่มนี้ ได้แก่ PCC7418_0473, PCC7418_0496, PCC7418_0613, PCC7418_0909, PCC7418_1045, PCC7418_1124, PCC7418_1191, PCC7418_1731, PCC7418_1732, PCC7418_2221, PCC7418_2725, PCC7418_2951, PCC7418_3814 ภาวะที่ใช้ในการศึกษานี้ คือ การให้ความเครียดจากความเค็มที่ความเข้มข้น NaCl 2 โมลาร์ เป็นเวลา 0, 1, 3, 6 ชั่วโมง ตรวจสอบผลการแสดงออกของยีนได้โดยการนำมาสกัด RNA และเปลี่ยนเป็น Cdnaที่ความเข้มข้น 2500 นาโนกรัม นำไปรันเจลอิเล็กโทรโฟลิซิสเพื่อตรวจสอบผลลัพธ์ที่ได้ พบว่าการแสดงออกของยีนในกลุ่มนี้มีความแตกต่างกันโดยการแสดงออกของยีนแต่ละชนิด มีค่าไม่เท่ากันจึงจำเป็นต้องทำการศึกษาต่อในอนาคตถึงปัจจัยที่เหมาะสมในการแสดงออกของยีนแต่ละตัว
Other Abstract:	Extremophillic cyanobacteria have the ability to adapt to the extreme environments that are unsuitable for life. Salinity is one of abiotic stresses that can affect the cells, living in an environment that is exposed to high levels of salinity or for a long time can cause intracellular stress. That means the cells need to adjust themselves to cope with stress to prevent damage, by the expression of genes capable of regulating the equilibrium of normal intracellular reactions. Halothece sp. PCC 7418 is an extremophillic cyanobacteria that employ two-component system proteins to regulate cell activities and gene expression in response to the environmental changes. The two-component system consists of two types of proteins, histidine kinases (HK) and response regulators (RR) which are classified by the specificity of signatures domain in their structures. HisKA (dimerization and phosphoacceptor) and HATPase (histidine kinase ATPase) domain are known as component of HK and, aspartate-containing receiver domain are found in response regulators protein. The function cooperated by the three domain proteins is called hybrid kinase (HyK). From the entire genome analysis of Halothece sp. PCC7418, 13 putative genes encoding HyK were found. There are PCC7418_0473, PCC7418_0496, PCC7418_0613, PCC7418_0909, PCC7418_1045, PCC7418_1124, PCC7418_1191, PCC7418_1731, PCC7418_1732, PCC7418_2221, PCC7418_2725, PCC7418_2951, PCC7418_3814. The condition used in this study was salinity stress at NaCl 2 M concentration for 0, 1, 3, 6 hours. The gene expression effect was investigated by RNA extraction and conversion to cDNA at 2500 ng. concentration, was run with a gel electrophoresis to verify the results. The result show that expression level of genes in this group was differed.
Description:	โครงงานเป็นส่วนหนึ่งของการศึกษาตามหลักสูตรปริญญาวิทยาศาสตรบัณฑิต ภาควิชาจุลชีววิทยา คณะวิทยาศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ปีการศึกษา 2563
URI:	http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/78983
Type:	Senior Project
Appears in Collections:	Sci - Senior Projects

Files in This Item:

File	Description	Size	Format
63-SP-MICRO-013 - Patsita Sirayot-alongkon.pdf		40.8 MB	Adobe PDF	View/Open

Show full item record